公元前221年，秦朝在统一六国以后，派军队向福建进军。第二年，在闽越人活动的区域设置了闽中郡，废去闽越王的王位，改用「 君长 」的名号让其继续统治该地。

据西汉史籍《淮南子》记载：“秦始皇派遣国尉屠睢发卒五十万为五军，一军塞镡城之岭，一军守九嶷之塞，一军处番禺之都，一军杀南野之境，一军结余干之水。

三年不解甲驰弩，使监禄无以转饷，又以卒凿渠而通粮道，以与越人战，杀西瓯君译吁宋。而越人皆入丛簿中，与禽兽处，莫肯为秦虏。

相置桀以为将，而夜攻秦人，大破亡，杀尉屠睢，仗尸流血数十万，乃发适戍以备之。”秦军共分五路，一路攻取东瓯和闽越（浙江、福建），两路攻南粤（广东），其余两路攻西瓯（广西）。秦发动对百越的战争共有三次，主要是秦军和西瓯军的战争，这三次统称为“秦始皇三征岭南”。