弘治十八年（1505）进士，授德安府推官。擢升刑部主事，掌诸司奏牍。刑部尚书何鉴改任兵部尚书，黄巩调任兵部主事。

正德九年（1514），升任员外郎，充会试同考官。历任兵部车驾司、职方司郎中。丁母忧。服除，补任武选司郎中。

正德十四年（1519）四月，明武宗南巡，黄巩上疏崇正学、通言路、正名号、戒游幸、去小人、建储贰六事。员外郎陆震草拟上疏，准备上谏，见黄巩的疏文后称叹，毁坏自己的稿文，与黄巩联合署名上进。明武宗大怒，下二人诏狱，复跪午门。众人说天子即将出行，黄巩说：“天子出，吾当牵裾死之。”跪五日，期满，仍旧关入监狱。二十余日后，廷杖五十，罢官为民。江彬命人沿途行刺黄巩，有治洪主事知道后，将他藏匿，黄巩得以脱险。