1657年（明历3年），水户学起源于第二代水户藩主德川光圀在彰考馆（史局）自身开始编修‘大日本史’，光圀由于曾与朱舜水交流，他所记述的日本是藉天皇而进行的普遍统治正是带有中国的国家正统的观念，因此，大日本史是一部以纪传体写成记下天皇治世的历史书；在整体上说，全书贯彻著大义名分论的尊皇思想，水户藩籍水户学扶植了尊敬天皇的尊皇思想。这是前期的水户学，主要作者有集合在史局的安积澹泊、粟山潜峰、三宅观澜等朱子学家。

后期水户学是第九代水户藩主德川齐昭，设立弘道馆作为藩校，大幅度扩展水户学的内容，自此之后，水户学以“文武两道”为宗旨；作为学问，除了儒学，国学等等的思想外，也包括天文学，医学等等的自然科学，成为总合的学科。代表人物有藤田幽谷、藤田东湖、会泽正至斋，内藤耻叟、粟田宽等。一时间成为 尊王攘夷运动意识形态的支柱，也是明治维新的原动力之一，但基本上没有发展到讨幕论，行动也是观念讨论，幕末开港后，因藩内党政失去人才，丧失了以前的能量。弘道馆解散，大部分藏书成为国有。水户学主要是由茨城县水户市的水户史学会研究，主要涉及历史、思想。