李连达的研究成果包括：一、首次建立中国中药药效学评价标准及技术规范，得到学术界公认及官方认可，并在中国推广应用。建立一些新的动物模型和试验方法，成为全国应用的标准方法，使中药研究与新药审评走上标准化、规范化及现代化新的发展阶段。二、揭示“血瘀证”科学内涵，阐明“活血化瘀”治疗的基本规律与作用机理。提高疗效、扩大适应症，自主或合作研制了冠心Ⅱ号等新药，为继承发扬中医药学、推动中西医结合及中医药现代化起到带头作用，在中国国内外掀起活血化瘀研究的新高潮，促进了中医事业的发展。三、首创“中药与自体骨髓干细胞经心导管移植治疗冠心病”新疗法，解决了供体困难、排异反应、开胸手术风险、费用昂贵及伦理道德等难题。方法简便、安全有效、易于推广，为冠心病治疗开拓了新领域，为干细胞移植建立了新途径、新方法。

根据2022年8月中国工程院网站显示，李连达先后获得国家科技进步奖一等奖，中华医药学会科学技术一等奖。

截至2018年10月，李连达先后培养硕士、博士、博士后等50余人，多人已成为中医药研究领域的学术骨干。

李连达为推动中药药理学的学科发展及中医药研究的科技进步做出了积极的贡献。他五十九年来坚持不懈的努力，献身于中医药事业，在继承的基础上，不断发展、勇于创新，在中医理论、中药研究、新药研制及推动学科发展等方面做出了应有的贡献。（中国工程院评）

李连达在中药药理学领域做出重要贡献，他的工作对中药药理学研究影响深远。他具有强烈的爱国心，对中医药文化有着深刻的认识，并通过自己的科研工作为祖国中西医结合事业做出了重要贡献。（李连达同志治丧工作小组评）

2008年11月18日，全欧中医药联合会中药特别专家小组的祝国光教授在芬兰给浙江大学的杨卫校长发去了一封题为《提倡严谨治学，反对学术造假》的信。信中祝国光告诉杨卫：有浙江大学药学院院长李连达署名的三篇论文有学术造假问题。经全欧中医药联合会中药特别专家小组认真研究认为，论文作者不仅一稿多投，而且还存在严重造假。曾经刊登该研究小组论文的德国《NSA药理学杂志》、荷兰《人种药理学杂志》、英国《本草疗法研究》、波兰《药理通报》等先后公开发表声明，称这是“科学的欺诈行为”，并将这些已发表“学术论文”删除，保留追究其法律责任的权利。

2008年12月6日晚，祝国光又给浙大杨卫校长发去一封信。信中说发现李连院士以第一作者名义发表的两篇文章，先以英文发表在中国国外期刊，然后隔数月或年余，又在中国国内以变换第一作者为李连达院士的名义发表，并且中文的论文没有提及任何该文已经用英文在国外期刊上发表，甚至在其参考文献中也未列上。“说明作者是有意避开已经发表的相同文章！”媒体调查共有十三篇论文被指造假。

浙江大学新闻发言人以书面的形式就此事对媒体公布了学校的调查结果和处理决定。称“论文造假事件”主要是李连达院士所带的博士后贺海波个人行为，其他作者并不知情。文中说，“2008年10月16日，浙江大学药学院常务副院长收到某教授的邮件，投诉他已经毕业的博士生、原浙大博士后、时任浙大副教授贺海波在论文中末经他本人同意使用了他的研究组的数据，属剽窃行为。浙江大学药学院和学校相关职能部门十分重视，当即开始了调查。贺海波已向学院承认了自己所犯的错误，并向他的博士导师当面作了检讨。

2014年9月16日，天士力制药集团股份有限公司诉李连达侵犯名誉权一案，经天津市第一中级人民法院和天津市高级人民法院两审法院审理，作出终审判决：李连达赔偿原告经济损失人民币30万元。这起涉及上市公司与工程院院士的名誉侵权之争历经5年终于尘埃落定。

2017年9月4日至9月15日，李连达在博客上连载三篇文章炮轰复方丹参滴丸在美国三期临床惨遭失败，其原因在于药品安全性有效性不符合注册要求，药品本身疗效不佳。

2017年9月19日，天士力集团在报刊上刊登了整版说明，称复方丹参滴丸三期临床研究顺利，李连达院士发表上述文章是出于个人恩怨。