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顺治四年（1647年），由贡生授固安知县，历任顺德知府、霸州道。顺治十五年（1658年），擢大理寺少卿。
顺治十六年（1659年）四月，迁大理寺卿。十一月，任江宁巡抚。次年春，弹劾布政使陈培正庸劣累民，陈培正罢官。时郑成功盘踞外洋，出没江南滨海州县，朱国治疏言：“欲破狡谋，先度形势。贼众负险，我师远涉风涛，其劳逸不同。贼众熟识海道，我师弓马便捷，其素习不同；水师舟楫，较之贼船大小悬殊，其攻取不同。臣谓宜以守寓战，凡海边江口，多设墩台，待贼势困援绝，乘间攻之，自能擒渠献馘。”下所司议行。
顺治十八年（1661年），疏言海防紧要，请移苏州海防同知于常熟，移松江海防同知于上海，各令其督修沿海桥梁马路墩堡，与各营汛将弁相机策应，使任专而事无歧误，从之。又疏言以苏州府、松江府、常州府、镇江府四府钱粮抗欠者多，分别造册，绅士一万三千五百馀人，衙役二百四十人，请敕部察议。部议现任官降二级调用，衿士褫革，衙役照赃治罪有差，是为“奏销案”。
康熙元年（1662年），丁父忧，不候代归。部议擅离职守，革职。
康熙十年（1671年），补任云南巡抚。康熙十二年（1673年），吴三桂诡请移籓锦州，并期以十一月二十四日启行。康熙帝念吴三桂久握重兵，恐滋蔓生变，遣侍郎哲勒肯、学士傅达礼至云南经理其事。朱国治方请增设驿堡，协拨夫马待之，吴三桂与同党胡国柱、夏国相、马宝等遽踞关隘起事。先期三日，邀朱国治及按察使李兴元、云南府知府高显辰、同知刘昆，胁之从逆，皆不屈。朱国治骂贼尤烈，即时遇害。
康熙二十年（1681年），三藩之乱平定，康熙帝命驿站送朱国治棺材及家属回京。康熙二十一年（1682年），谕曰：朱国治当逆贼吴三桂反叛之初，抗不从逆，遂被杀害，捐躯殉难，深为可悯，其从优议恤。乃加赠户部右侍郎，予祭葬如典礼，荫一子入国子监。雍正时，入祀昭忠祠。
《研堂见闻杂记》：“抚臣朱国治既以钱粮兴大狱，又杀吴郡诸生一二十人，知外人怨之入骨，适以丁忧罢。故事：隶旗下者例不丁忧，守丧二十七日，即出视事。公守丧毕，具疏请进止，朝议许其终制，另推新抚韩公世琦。尚未莅位，朱恐吴人为变，仓猝离位，轻舟遁去，吴中为幸。朝议以大臣擅离汛地，拟降五级，而严旨切责，革职为民。后于康熙十一二年复抚滇中，值吴三桂变，提去开膛枭示。”