1948年，当选为中央研究院院士。

1950年—1957年，任北京农业大学教授。

1953年，任中国科学院真菌植病室主任。

1955年，当选为中国科学院学部委员（院士）。

1956年，加入中国共产党。

1956年—1958年，任中国科学院应用真菌学研究所所长。

1959年—1973年，任中国科学院微生物研究所所长。

1973年1月3日，在北京逝世，享年80岁。

戴芳澜早年对水稻、果树等作物病害及其防治进行了研究；20世纪30年代以后从事真菌分类学、形态学、遗传学及植物病理学的研究，特别在霜霉菌、白粉菌、鹿角菌、锈菌、鸟巢菌、尾孢菌等菌的分类方面，以及竹鞘寄生菌的形态学和脉孢菌的细胞遗传学方面进行了系统的研究。

截至1973年1月，戴芳澜共发表论文50余篇，他的代表论著有《芋疫病》《三角枫上白粉菌之一新种》《中国真菌杂录》《中国真菌总汇》《中国经济植物名录》《中国植物病理学会会讯》等。

1913年，戴芳澜在沙市商业学校讲授《英语》等课程；1920年，在广东省立农业专门学校讲授《植物病理学》等课程；1950年，在北京大学生物系讲授《真菌学》等课程。

戴芳澜在南京东南大学讲授《植物病理学》等课程；在金陵大学讲授《植物病理学》《真菌学》等课程。

戴芳澜在治学上是严谨的，他严格要求学生，从不轻易称赞人。他认为：不适当的夸奖不是对人的爱护，而是对自负与自满的助长，会把人毁了。他要求别人做到的自己一定做到，而且必先做到。他对别人进行指导，不是采用命令式，而是采取启发式，让对方去思考、去探索、去醒悟。他培养的学生都能独立思考和独立工作。

戴芳澜培养学生从以下三个方面入手：

一、重视基础课的教学，要求学生知识面要广，基础要坚实。

二、提倡启发式教育，要求严格，赏罚分明。戴芳澜讲课，注重启发，轻其所轻，重其所重。他对学生的培养是放手的，让学生发挥最大的主观能动性。

三、组织学术讨论会或读书会，提倡认真读书。他主张读书的面要广，要博览群书，不知限于读菌物学方面的书刊，还要读动物学、植物学、细菌学、病毒学、生物学、生化学、遗传学以及生命起源、生物演化史和名人传记等方面的书。

戴芳澜为中国真菌学和植物病理学的发展培养了大批人才，如植物病理学家陈鸿逵，植物病理学和微生物学家俞大绂院士，植物病毒学家周家炽，植物病理学家林传光，植物病理学家裘维蕃院士，农业教育家魏景超，植物病理学家黄亮，植物病理学家仇元，农业教育家王清和，真菌学家郑儒永院士，植物病理学家葛起新等。

戴芳澜出生在一个破落的官僚家庭，兄弟辈排行第二，8岁时母亲去世，中学全靠伯父资助。戴芳澜自幼勤奋好学，考取了清华学堂留美预备班，从而得以出国深造，后因父亲失业而辍学回国，丧失了进一步深造的机会。

戴芳澜的妻子是邓淑媛。

“戴芳澜是中国真菌学的创始人和中国植物病理学的主要创建人之一。”（《中国科学报》评）

“一代宗师，治学楷模。”（戴芳澜诞辰100周年生物学家贝时璋院士题字纪念）

“戴芳澜对近代真菌学和植物病理学在中国的形成和发展起了开创和奠基的作用。”（新华网评）

“戴芳澜为青年一代真菌学人树立了勇往直前、开拓创新的榜样。”（时任微生物所真菌学国家重点实验室主任蔡磊评）

“戴芳澜是中国地衣学的奠基人。”（地衣真菌学家魏江春院士评）

“戴芳澜一生为中国真菌学和植物病理学的发展呕心沥血，在各个方面作出了突出的贡献，他的业绩和道德风范是中国科学界顶尖的，堪称楷模。他是中国真菌学和植物病理学的主要奠基人之一，为中国真菌学研究在国际上崭露头角打下了坚实基础，是‘中国真菌之父’。”（《中国档案》评）

为增进大学生对生命科学前沿的了解，拓宽科学视野，培养实践能力，开启创新思维，推动生命科学领域的人才培养，为大学生提供置身中国科学院高水平生命科学研究的机会，中国科学院微生物研究所2019年举办“戴芳澜”大学生暑期夏令营。

2019年12月30日，中国科学院微生物研究所首届“芳澜讲堂”开讲。“芳澜讲堂”以戴芳澜的名字命名，开设芳澜讲堂不仅是为了纪念戴芳澜，也是为了让更多人了解他做科研的初心和治学精神，把他不畏困苦、矢志不渝、坚韧不拔的精神永远地传承下去。

2015年，中国菌物学会设立戴芳澜科学技术奖（戴芳澜奖），以鼓励菌物科技工作者积极开展系统性、原创性的科学研究、技术实践和技术创新，更好地为菌物学科发展和国民经济服务。

2002年，湖北科技名人雕塑园落成并对外开放，首批有17位科学家的塑像入选并落座，其中就包括戴芳澜塑像。