三国吴宝鼎元年（266），分会稽郡西部置东阳郡，吴宁县遂属东阳郡。两晋不变。

南朝宋孝建元年（454），分扬州之会稽、东阳......五郡为东扬州，治所在会稽郡。后废置不常，至永光元年（465）复并入扬州。吴宁县在南朝宋、齐朝属东阳郡，隶扬州或东扬州。

南朝梁普通五年（524）复置东扬州，太平元年（556）又罢，梁还于东阳郡兼置婺州，陈永定三年（559）又改缙州，梁、陈朝还改东阳郡为金华郡，陈天嘉三年（562）于会稽再置东扬州。吴宁县在梁、陈朝属东阳郡、金华郡，隶婺州、缙州、东扬州。

隋开皇九年（589），废吴宁县入诸暨。同年改长山县为吴宁县，开皇十二年复改东阳县，十八年再改金华县。与现东阳市之“吴宁”、“东阳”先后异地同名。

垂拱二年（686）、析义乌县（唐武德七年改乌伤县为义乌县）东冲要地及废吴宁县故地置东阳县，县治即今吴宁镇。属婺州，隶江南道。