别所长治为别所安治之子，也是波多野秀治的女婿。织田信长在攻打毛利辉元时以别所长治曾从属於织田家，但是由于织田家进攻波多野氏，与丰臣秀吉的不合，以及家臣别所贺相的煽动之下，别所长治便与波多野秀治一起反抗织田信长。

别所长治以死守三木城的方式与丰臣秀吉应战，在毛利辉元与荒木村重的支持与支援下，一度击退织田信长的军队；但是在丰臣秀吉彻底切断三木城的粮食与水源供应，以及神吉城与志方城的失守之下，毛利辉元的援军也被击退；而别所长治也在三木城被包围两年后自杀逝世（三木合战）。

对别所长治的评价：三木城主别所长治性格清廉、人格高洁，人虽年轻，却备受家臣及播州一带地方武士们的拥护和爱戴，城内充满为别所不惜牺牲之精神。（司马辽太郎《丰臣秀吉》）