农业合作社的早期是由农民自发组建的小型合作、互帮互助的组织，其前提仍然是土地私有制，即土地是各家各户的，合作社只是在农忙季节调配劳动力。

1953年春，中国土地改革基本完成，获得土地的农民有着极大的生产积极性，但分散、脆弱的农业个体经济既不能满足工业发展对农产品的需求，又有两极分化的危险。中国共产党当时认为只有组织起来互助合作，才能发展生产，共同富裕。1953年，先后发布了《中共中央关于农业生产互助合作的决议》和《中共中央关于发展农业合作社的决议》，中国农村开始了互助合作运动。到1956年底，基本实现了农业合作化。后来农业合作社的活动不断扩大，于1958年发展成人民公社。此后，农业合作社发展道路经历20多年的曲折探索。

改革开放以来，我国农村实行家庭承包经营。随着农业经济的不断深入发展，农民的生产经营合作意愿逐渐增强，自发组织同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者自愿联合、民主管理的互助性专业经济组织，全称为农民专业合作社。